明季天主教在南京的傳播始于利瑪竇。他曾三次進入南京傳教，后來北上京師，南京教務遂由意大利傳教士郭居靜和葡萄牙傳教士羅如望主持。后來郭、羅二人分赴上海、南昌開教，南京教務又轉托給意大利傳教士王豐肅。在王豐肅主持南京教務期間，南京教會得到迅速發展，教徒增至200多人。王豐肅還在南京建成西式教堂和花園一所，并公開舉行宗教活動，因此引起世人的注目和疑忌。

萬歷四十四年（1616）五至十二月，南京禮部侍郎沈?連上三道奏疏，請求查禁天主教，驅逐傳教士。沈?認為，傳教士偷渡關津，闌入竊處，企圖刺探中國軍情；傳教士傳播邪教，不祀祖宗，男女聚于一室，敗壞中國倫常；傳教士私習歷法天文，割裂日月星辰，變亂中國道統；傳教士假托佛郎機，以金錢收買人心，以咒術召集信眾，圖謀聚眾為亂。沈?奏疏引起排教人士的強烈共鳴，南京禮部郎中徐如珂、南京禮科給事中晏文輝、禮部侍郎何宗彥、禮科給事中余懋孳等人群起響應，上疏附和。護教士人則撰文反駁排教者的言論。徐光啟于萬歷四十四年七月上《辨學章疏》，辯明天主教是正教，傳教士所傳是正學。楊廷筠撰寫名為《鸮鸞不并鳴說》的護教長論，從14個方面辨析天主教與白蓮教的顯著不同，否定人們對天主教的邪教指控。在北京的西班牙傳教士龐迪峨、意大利傳教士熊三拔也撰寫具揭，寄往南京。七月二十一日，沈?等人不候朝旨，即派軍隊查封南京天主教堂，王豐肅、謝務祿和十多名中國教徒被逮捕。八月，中國籍修士鐘鳴禮等八人因刊刻護教揭帖而被擒拿。南京禮部隨即頒布《拿獲邪黨后告示》，對兩次拘捕行為進行辯解，強調官府不會株連無辜，安撫民眾各安生理。十月，南京禮部會審鐘鳴禮等。十二月初，沈?的第三道奏疏上達朝廷。在各方壓力之下，明神宗不得不于十二月十日發布御旨：“王豐肅等立教惑眾，蓄謀叵測，可遞送廣東撫按，管令西歸。其龐迪我等，禮部曾言曉知歷法，請與各官推演七政，且系向化來，亦令歸還本國。”二十八日，御旨到達南京，沈?立即將王豐肅、謝務祿、鐘鳴禮等收捕入獄。未被點名的耶穌會士則遁跡隱形，藏匿教徒家中。數月后，南京都察院將王、謝二人押送廣東，坐落在洪武岡的新建教堂和孝陵衛花園則被拆毀變賣，被捕的中國教徒有的當即釋放，有的被遣回原籍。此后，龐迪峨、熊三拔也被遣送廣東。轟動一時的“南京教案”至此結束。